| 序号 | 机构名称 | 挂靠单位 | 负责人 |
| 1 | 古籍整理研究所 | 中国语言文学系 | 叶玉英 |
| 2 | 厦门大学国际汉语史研究中心 | 中国语言文学系 | 李无未 |
| 3 | 厦门大学东南亚华文文学研究中心 | 中国语言文学系 | 苏永延 |
| 4 | 厦门大学道学与传统研究中心 | 哲学系 | 黄永锋 |
| 5 | 宗教学研究所 | 哲学系 | 林观潮 |
| 6 | 厦门大学知识论 与认知科学研究中心 | 哲学系 | 郑伟平 |
| 7 | 中国海关史研究中心 | 历史与文化遗产学院 | 戴一峰 |
| 8 | 厦门大学海洋文明与战略发展研究中心 | 历史与文化遗产学院 | 陈博翼 |
| 9 | 美国史研究所 | 历史与文化遗产学院 | 韩 宇 |
| 10 | 厦门大学民间历史文献研究中心 | 历史与文化遗产学院 | 郑振满 |
| 11 | 厦门大学海洋考古学研究中心 | 历史与文化遗产学院 | 王新天 |
| 12 | 厦门大学闽商研究中心 | 历史与文化遗产学院 | 王日根 |
| 13 | 陈嘉庚研究中心 | 历史与文化遗产学院 | 曾 玲 |
| 14 | 厦门大学世界文明比较研究中心 | 历史与文化遗产学院 | 任智勇 |
| 15 | 厦门大学东南考古研究中心 | 历史与文化遗产学院 | 张闻捷 |
| 16 | 厦门大学品牌与广告研究中心 | 新闻传播学院 | 黄合水 |
| 17 | 厦门大学马克思主义新闻观研究与教育中心 | 新闻传播学院 | 余清楚 |
| 18 | 传播研究所 | 新闻传播学院 | 谢清果 |
| 19 | 厦门大学福建媒体发展与对外传播协同创新中心 | 新闻传播学院 | 阎立峰 |
| 20 | 厦门大学福建媒体发展研究院 | 新闻传播学院 | 余清楚 |
| 21 | 厦门大学海峡媒体研究中心 | 新闻传播学院 | 阎立峰 |
| 22 | 厦门大学舆论研究中心 | 新闻传播学院 | 邹振东 |
| 23 | 厦门大学国际传播研究中心 | 新闻传播学院 | 罗 幸 |
| 24 | 口译学研究所 | 外文学院 | 韩 潮 |
| 25 | 厦门大学日本语教育研究中心 | 外文学院 | 马英萍 |
| 26 | 厦门大学比较文学与跨文化研究中心 | 外文学院 | 陆建德 |
| 27 | 厦门大学双语词典与双语语言文化研究中心 | 外文学院 | 杜开怀 |
| 28 | 外国语言文学研究所 | 外文学院 | 辛志英 |
| 29 | 厦门大学文明交流互鉴研究中心 | 外文学院 | 刘 悦 |
| 30 | 厦门大学中国高质量发展研究院 | 经济学院 | 洪永淼 |
| 31 | 厦门大学两岸金融发展研究中心 | 经济学院 | 洪永淼 |
| 32 | 厦门大学评估研究中心 | 经济学院 | 纪益成 |
| 33 | 国民经济与核算研究所 | 经济学院 | 杨 灿 |
| 34 | 财政科学研究所 | 经济学院 | 刘 晔 |
| 35 | 金融研究所 | 经济学院 | 张亦春 |
| 36 | 厦门大学七匹狼金融研究中心 | 经济学院 | 洪永淼 |
| 37 | 厦门大学中国民营企业投资与资本运作研究中心 | 经济学院 | 何孝星 |
| 38 | 厦门大学水科技与政策研究中心 | 经济学院 | 蓝伟光 |
| 39 | 厦门大学智慧与绿色发展研究中心 | 经济学院 | 唐礼智 |
| 40 | 厦门大学经济与文化研究中心 | 经济学院 | 邵宜航 |
| 41 | 厦门大学海峡两岸发展研究院 | 经济学院 | 李文溥 |
| 42 | 国家开发银行—厦门大学—东方财经两岸金融研究中心 | 经济学院 | 王洛林 |
| 43 | 厦门大学—华福证券福建产业金融研究中心 | 经济学院 | 周颖刚 |
| 44 | 厦门大学习近平经济思想教研中心 | 经济学院 | 张兴祥 |
| 45 | 厦门大学中国公司金融研究中心 | 管理学院 | 吴世农 |
| 46 | 厦门大学现代管理科学研究所 | 管理学院 | 刘雪锋 |
| 47 | 厦门大学企业案例研究中心 | 管理学院 | 陈 闯 |
| 48 | 厦门大学旅游管理与规划研究所 | 管理学院 | 林德荣 |
| 49 | 现代企业与医疗服务运营技术管理研究中心 | 管理学院 | 庄伟芬 |
| 50 | 厦门大学产业互联网研究中心 | 管理学院 | 韩水华 |
| 51 | 厦门大学管理会计研究中心 | 管理学院 | 郭晓梅 |
| 52 | 厦门大学证券研究中心 | 管理学院 | 郑振龙 |
| 53 | 厦门大学金融工程研究中心 | 管理学院 | 陈 蓉 |
| 54 | 厦门大学元创决策智能研究中心 | 管理学院 | 傅元略 |
| 55 | 厦门大学（元洪）食品数字经济产业研究中心 | 管理学院 | 徐 迪 |
| 56 | 厦门大学中国企业成长研究中心 | 管理学院 | 吴晓晖 |
| 57 | 厦门大学中国供应链管理研究中心 | 管理学院 | 许志端 |
| 58 | 厦门大学金圆研究院 | 管理学院 | 屈文洲 |
| 59 | 厦门大学法学院国际税法与比较税制研究中心 | 法学院 | 廖益新 |
| 60 | 厦门大学知识产权教育与研究中心 | 知识产权研究院 | 林秀芹 |
| 61 | 厦门大学经济犯罪研究中心 | 法学院 | 李兰英 |
| 62 | 厦门大学金融法研究中心 | 法学院 | 刘志云 |
| 63 | 厦门大学社会治理与软法研究中心 | 法学院 | 宋方青 |
| 64 | 厦门大学党内法规研究中心 | 法学院 | 郭春镇 |
| 65 | 国际经济法研究所 | 法学院 | 陈辉萍 |
| 66 | 厦门大学经济法研究中心 | 法学院 | 朱崇实 |
| 67 | 厦门大学海峡两岸性别研究与教学合作中心 | 法学院 | 蒋 月 |
| 68 | 厦门大学新时代漳州110研究中心 | 法学院 | 宋方青 |
| 69 | 政治学与行政学所 | 公共事务学院 | 朱仁显 |
| 70 | 厦门大学政府绩效管理研究中心 | 公共事务学院 | 徐国冲 |
| 71 | 厦门大学区域发展政策研究所 | 公共事务学院 | 吕志奎 |
| 72 | 厦门大学社会管理创新研究中心 | 公共事务学院 | 高和荣 |
| 73 | 艺术研究所 | 艺术学院 | 汤志义 |
| 74 | 厦门大学两岸书法研究中心 | 艺术学院 | 陈胜凯 |
| 75 | 厦门大学华侨华人研究中心 | 国际关系学院/南洋研究院 | 沈燕清 |
| 76 | 厦门大学高等教育质量与评估研究所 | 教育研究院 | 史秋衡 |
| 77 | 厦门大学考试研究中心 | 教育研究院 | 刘海峰 |
| 78 | 厦门大学中外合作办学研究中心 | 教育研究院 | 林金辉 |
| 79 | 厦门大学习近平教育论述研究中心 | 教育研究院 | 刘振天 |
| 80 | 厦门大学中国资本市场研究中心 | 财务管理与会计研究院 | 屈文洲 |
| 81 | 马克思主义与中国发展研究所 | 马克思主义学院 | 张艳涛 |
| 82 | 厦门大学党建研究中心 | 马克思主义学院 | 徐进功 |
| 83 | 厦门大学社会发展研究中心 | 社会与人类学院 | 胡 荣 |
| 84 | 厦门大学文化发展研究院 | 社会与人类学院 | 张先清 |
| 85 | 厦门大学旅游人类学研究中心 | 社会与人类学院 | 彭兆荣 |
| 86 | 厦门大学戏剧影视与艺术学研究中心 | 电影学院 | 李晓红 |
| 87 | 厦门大学新媒体动漫研究中心 | 电影学院 | 杨 玲 |
| 88 | 厦门大学金融文化研究院 | 社会科学研究处 | 钱陈翔 |
| 89 | 厦门大学习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心 | 宣传部 | 徐进功 |
（数据截止至2023年11月）